In de transitie naar de Este onafhankelijkheid en de eerste twintig jaar erna neemt het aantal brouwerijen af, al gist het wel onder het oppervlak. Vanaf 2013 gaat het snel.
Põhjala, Õllenaut, Lehe en Vormsi vormen de eerste golf moderne craft brewers. De laatste drie brouwen thuis, terwijl Põhjala in 2011 start als gypsy of huurbrouwer. Tussen de herfst van 2013 en het voorjaar van 2014 openen de vier pioniers, die elkaar goed kennen, hun eigen brouwerij. Alle exporteren aanzienlijke delen van hun productie. De vier lopen niet alleen tegen dezelfde problemen aan, ze zijn mentoren voor de volgende golven.
De tweede golf maakt gebruik van de nieuwe openingen in de Estse markt, de faciliteiten van bestaande microbrouwerijen en het groeiende enthousiasme onder consumenten. Veel initiatieven ontspruiten aan de uitdijende gemeenschap van Estse hobbybrouwers (Tanker in Tallinn en Pühaste, Anderson en Kolk in Tartu), terwijl Sori zich vanuit Finland in Tallinn vestigt. Vanaf 2015 openen ze hun microbrouwerijen, terwijl sommige huurbrouwers blijven. Het oude drankenbedrijf Koch start een brewpub in het gebied rond de cruiseterminal. Rond 2016 stoppen de eerste brouwers van de tweede golf, zoals Hampelmann en Holy Roller.
De derde golf is een bonte stoet nieuwkomers. Sommige brouwerijen in de periferie, zoals Poïde op Saaremaa, Hiiumaa op het gelijknamige eiland, en Mulgi in het zuiden, starten met Europese subsidies voor regionale ontwikkeling. Er zitten ‘uit de hand gelopen hobby’-brouwerijen tussen, zoals het kleine NanoPruul, dat alles probeert te automatiseren. In Tallinn starten veel brouwerijen die bouwen op het hipsterimago in sommige wijken. Ook trekt de populariteit van ambachtelijk bier nieuwe ondernemers aan die commerciële kansen zien. Anders dan de ondernemingen van de eerste, en sommige van de tweede golf, richten veel brouwers zich op een lokale markt.
Begin 2018 telt Estland 3 grote en 67 kleine brouwers. Ruim de helft van de kleine bedrijven heeft een eigen brouwerij. Enn Parel, eigenaar van Põhjala, en voorzitter van de koepel van kleine brouwers, schat het marktaandeel van de kleine brouwers op ongeveer 1% in volume en 2% in omzet.